1 背景断面须能反映水系未受污染时的背景值。要求：基本上不受人类活动的影响，远离城市居民区、工业区、农药化肥施放区及主要交通路线。原则上应设在水系源头处或未受污染的上游河段，如选定断面处于地球化学异常区，则要在异常区的上、下游分别设置。如有较严重的水土流失情况，则设在水土流失区的上游。
2 入境断面，用来反映水系进入某行政区域时的水质状况，应设置在水系进入本区域且尚未受到本区域污染源影响处。
3 控制断面用来反映某排污区(口)排放的污水对水质的影响。应设置在排污区(口)的下游，污水与河水基本混匀处。
4 控制断面的数量、控制断面与排污区(口)的距离可根据以下因素决定：主要污染区的数量及其间的距离、各污染源的实际情况、主要污染物的迁移转化规律和其它水文特征等。此外，还应考虑对纳污量的控制程度，即由各控制断面所控制的纳污量不应小于该河段总纳污量的80%。如某河段的各控制断面均有五年以上的监测资料，可用这些资料进行优化，用优化结论来确定控制断面的位置和数量。
5 出境断面用来反映水系进入下一行政区域前的水质。因此应设置在本区域最后的污水排放口下游，污水与河水已基本混匀并尽可能靠近水系出境处。如在此行政区域内，河流有足够长度，则应设消减断面。消减断面主要反映河流对污染物的稀释净化情况，应设置在控制断面下游，主要污染物浓度有显著下降处。
6 省（自治区、直辖市）交界断面。省、自治区和直辖市内主要河流的干流、一、二级支流的交界断面，这是环境保护管理的重点断面。
7 其它各类监测断面
 a.水系的较大支流汇入前的河口处，以及湖泊、水库、主要河流的出、入口应设置监测断面。
 b.国际河流出、入国境的交界处应设置出境断面和入境断面。
 c.国务院环境保护行政主管部门统一设置省（自治区、直辖市）交界断面。
 d.对流程较长的重要河流，为了解水质、水量变化情况，经适当距离后应设置监测断面。
 e.水网地区流向不定的河流，应根据常年主导流向设置监测断面。
 f.对水网地区应视实际情况设置若干控制断面，其控制的径流量之和应不少于总径流量的80%。
 g.有水工建筑物并受人工控制的河段，视情况分别在闸（坝、堰）上、下设置断面。如水质无明显差别，可只在闸（坝、堰）上设置监测断面。
 h.要使各监测断面能反映一个水系或一个行政区域的水环境质量。断面的确定应在详细收集有关资料和监测数据基础上，进行优化处理，将优化结果与布点原则和实际情况结合起来，作出决定。
 i.对于季节性河流和人工控制河流，由于实际情况差异很大，这些河流监测断面的确定、以及采样的频次与监测项目、监测数据的使用等，由各省（自治区、直辖市）环境保护行政主管部门自定。
8 潮汐河流监测断面的布设
 a.潮汐河流监测断面的布设原则与其它河流相同，设有防潮桥闸的潮汐河流，根据需要在桥闸的上、下游分别设置断面。
 b.根据潮汐河流的水文特征，潮汐河流的对照断面一般设在潮区界以上。若感潮河段潮区界在该城市管辖的区域之外，则在城市河段的上游设置一个对照断面。
 c.潮汐河流的消减断面，一般应设在近入海口处。若入海口处于城市管辖区域外，则设在城市河段的下游。
 d.潮汐河流的断面位置，尽可能与水文断面一致或靠近，以便取得有关的水文数据。
9 湖泊、水库监测垂线的布设
 a.湖泊、水库通常只设监测垂线，如有特殊情况可参照河流的有关规定设置监测断面。
 b.湖（库）区的不同水域，如进水区、出水区、深水区、浅水区、湖心区、岸边区，按水体类别设置监测垂线。
 c.湖（库）区若无明显功能区别，可用网格法均匀设置监测垂线。
 d.监测垂线上采样点的布设一般与河流的规定相同，但对有可能出现温度分层现象时，应作水温、溶解氧的探索性试验后再定。
 e.受污染物影响较大的重要湖泊、水库，应在污染物主要输送路线上设置控制断面。